Bizans İmparatorluğu tarafından vakıf olarak 1124 yılında yapımına başlanan Pantokrator Manastırı Kilisesi, 1136 tarihinde tamamlandı. Kilisenin Pantokrator İsa, Şefkatli Meryem ve Baş Melek Mikail’e adanmış üç ana bölümü bulunmaktadır. Fakat Latin istilası sırasında yağmalanan yapının içindeki birçok eser Venedik’e taşındı. 1453 yılında İstanbul’un fethiyle kilise ilk namaz kılınan yer olarak kullanıldı ve Molla Zeyrek Mehmed Efendi’ye atfen cami adını aldı.
2009 yılında Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından restorasyonu yapılan Pantokrator Kilisesi, 2019’da tekrar ibadete açıldı. Bu süreçte, mezar şapeli olarak adanmış olan Baş Melek Mikail’in mezarı da keşfedildi. Kilisenin zemininde Bizans dönemine ait mozaikler bulunmaktadır ve 1986 yılında UNESCO Dünya Mirası Listesi’ne dahil edildi.
Arkeolog Murat Sav’a göre, kilisenin her üç bölümünde de ana kubbeler bulunmakta olup, en ilginç bölüm olan mikail Şapeli’nde iki kubbe yer almaktadır. Bu muazzam yapının içinde özgün mozaik döşemelerin bulunması da dikkat çekicidir. 1453 yılında ise Fatih Sultan Mehmed’in vakfiyesine uygun olarak kilise camiye dönüştürüldü ve Molla Zeyrek Camii olarak anılmaya başlandı.
Molla Zeyrek Camii’nin günümüze kadar özgün bir şekilde ulaştığını vurgulayan Murat Sav, yapının İstanbul’daki dört kiliseden biri olarak camiye dönüştürüldüğünü belirtti. 18. yüzyılda ise minaresi ve hünkâr mahfili eklenmiştir. Yapının Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından korunması ve yönetilmesi devam etmektedir.
Molla Zeyrek Camii, İstanbul’daki diğer tüm camiler gibi özel bir yapı olup, Fatih Sultan Mehmed’in vakfiyesi doğrultusunda yönetilmektedir. Bu tür tarihi yapıların korunması ve mevcudiyetlerinin devamı için özel önem gösterilmektedir. Pantokrator Manastırı Kilisesi’nin ve sonrasında Molla Zeyrek Camii’nin tarihçesi, mimarisi ve günümüze kadar süren restorasyon süreci, İstanbul’un kültürel mirasının önemli bir parçasını oluşturmaktadır.
